歐盟ETS是一款以環保為最終目的的機制，而經濟發展與環境保護歷來都是一對矛盾。不少企業把環境保護看著是戴在自己頭上的緊箍咒，然而如果沒有這道緊箍咒,逐利的企業完全可能把高速的發展建立在破壞環境的基礎上。在此背景下，的配額初始分配方式對企業競爭力的影響就是不可忽略的。

       無償分配的方式看似更有利于企業，因為免費的配額讓企業不用擔心成本的增加而降低競爭力。但是通常被忽略的一個問題是相當多的ETS企業對內處于壟斷地位，對外也未必會直接面臨來自國外的競爭。比如能源企業，它們在國內僅有幾個競爭對手，若因掃澈問題而導致成本上升，大家也都會面臨同樣的壓力，而來自國外的競爭則幾乎沒有。對這類壟斷寡頭，無償分配配額猶如它們的免費午餐，而配額拍賣方式卻并不會削弱其競爭力。

        競爭力會受到影響的企業,主要是水泥、鋼鐵、有色金屬以及一些化工企業,因為他們要面臨來自歐盟ETS以外的國際競爭者。對它們來說,免費的配額只能算做一次性的補助,不能改善邊際成本。而從長期來看,企業因受到ETS的激勵,加大環保技術研發力度,從而增強自身的“綠色競爭力”,這種效果未必會輸于用無償分配的方式來幫助維持眼前的市場規模和地位。